诊断肾结核的主要线索是慢性膀胱炎症状，即发现逐渐加重的尿频、尿急、尿痛并伴有血尿的表现就应高度怀疑肾结核的可能。但是尿频、尿急、尿痛、血尿等症状，都不能成为确诊肾结核的依据，可以通过这些检查帮助确诊。
1、尿检查
化验尿液对确诊肾结核有重要意义，尿液常混浊呈淘米水样，新鲜尿一般为酸性，尿内有蛋白，红细胞、白细胞。
2、尿结核杆菌检查
查找尿中有无结核杆菌是很重要的。这个只要收集尿液标本，然后直接涂片、染色、查找病菌就可以进行检查。但这种方法容易与其它耐酸杆菌混淆。为了增强结果的准确度，检查时应注意将外阴、尿道口洗净，化验时应取清晨第一次尿液，连续进行三至五次。
3、结核菌培养
培养尿中的结核杆菌，可以帮助确诊，还可以进行细菌耐药性的监测。但结核菌培养所需时间太长，使用不方便。
4、X光片检查
X光片检查不但可以帮助确诊肾结核，还可帮助确定病变的程度、范围，可以看到肾脏轮廓、大小、腰大肌及肾脏输尿管钙化影。如果发现整个肾脏出现广泛的钙化，就可确诊为肾结核。
5、膀胱镜检查
可见膀胱粘膜充血、水肿，出现结核结节、结核溃疡、瘢痕等病变。必要时可以取病变组织做病理检查。
6、电脑扫描
电脑扫描肾结核对中晚期肾结核的治疗有所帮助。检查中晚期肾结核时能清楚显示扩大的肾盏、肾盂，空洞、钙化，也可看到纤维化管壁增厚的肾盂及输尿管。
这些疾病是容易与肾结核混淆的，一定要注意。
1、非特异性膀胱炎
并非只有肾结核才会引起膀胱炎症状，大肠杆菌等病菌引起的非特异性膀胱炎也会出现尿频、尿急、尿痛、血尿等症状。但非特异性膀胱炎是突然发病，短期内即可治愈，细菌培养可发现大肠杆菌及其他化脓性细菌。而肾结核是逐渐发病，尿频、尿急、尿痛、血尿等症状也是逐渐加重。
2、肾癌
肾结核的血尿多为终末血尿，且常与尿频、尿急、尿痛一同出现。肾癌的血尿为全程，没有尿急、尿痛等症状，而且血尿有时出现，有时消失。
3、肾、输尿管结石
X光片检查发现钙化影时，有可能将肾结核误以为是肾结石，但肾结核的钙化点位于肾实质，密度不均，与肾结石不同。肾、输尿管结石有时也会出现血尿，但不同的是，血尿常和肾绞痛相伴随。
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