患者尿液均正常，感染并非膀胱壁纤维化的主要病因，有学者认为盆腔外科手术或感染产生的淋巴管梗阻是其病因，而许多患者没有这样的病史。亦有学者提出是由于血栓静脉炎伴膀胱或骨盆内脏器急性感染，或由于精神冲动产生长期小动脉的痉挛所致，还可能与内分泌因素有。
目前，大量的证据认为间质性膀胱炎是一种自体免疫胶原性疾病。Oravisto等研究了54例该病女性患者，发现85%患者中有抗核抗体，且有相当数量的患者具有反应素型的过敏反应或对药物的超敏性。这可以通过对肾上腺皮质激素治疗高敏可以得到解释。目前，对肥大细胞和膀胱表面氨基酸糖甙在间质性膀胱炎中的作用受到注意，一些研究人员正着手进行这方面的研究。
在病理学上的发现膀胱壁的深层纤维化，使其容量减少，有时减少相当明显。膀胱粘膜变薄，这在膀胱舒缩最大部位最为明显，有时还可见到小的溃疡或裂隙。在某些严重病例，由于膀胱输尿管连接处受损，可产生膀胱输尿管返流，甚至产生输尿管肾积水及肾盂肾炎。在显微镜下膀胱粘膜变薄，甚至剥脱，固有层中毛细血管常充血伴有炎症反应存在，肌层中纤维组织增生明显，淋巴管扩张。并有淋巴细胞浸润和肥大细胞渗入。
间质性膀胱炎为慢性非特异性膀胱全层炎症。病变早期膀胱扩张时黏膜只见斑点状出血，后期膀胱黏膜变薄或坏死脱落可有典型溃疡，多见于膀胱顶部或前壁。溃疡底部肉芽组织形成。周围黏膜水肿、血管扩张。黏膜下或肌层有多种炎症细胞浸润，如浆细胞、嗜酸性白细胞、单核细胞、淋巴细胞和肥大细胞，这些炎症细胞浸润可达膀胱全层及肌间神经组织。肌层中血管减少，淋巴管扩张。肌束间及肌内胶原组织增多，严重的纤维化导致膀胱缩小。严重病例输尿管开口处正常功能被破坏，导致膀胱输尿管反流及随之而来的肾积水或肾盂肾炎。
1.临床检查
一般正常，有的患者可出现耻骨上部触痛，在女性患者阴道前壁触诊时可有膀胱区触痛感。
2.实验室检查
患者尿常规多数正常，可有血尿出现，尿培养多无细菌生长，肾功能检查除非在膀胱纤维化导致膀胱输尿管反流或梗阻时才有变化。
3.放射学检查
排泄性尿路造影一般无异常，合并反流时在造影片上可见肾盂积水、膀胱容量减少表现。膀胱造影显示膀胱容量减少，有时发现膀胱输尿管反流。
4.膀胱镜检查
是诊断间质性膀胱炎的重要方法。一些患者膀胱容量可减少至50～60ml，由于膀胱容量缩小，患者甚为痛苦，需在麻醉下施行液体膀胱扩张，可见膀胱顶部小片状淤斑、出血、有的可见到瘢痕、裂隙或渗血。发现Hunner’s溃疡有助于确诊，但大多数患者没有溃疡，未经治疗者膀胱黏膜外观尚属正常或仅有慢性炎症改变，有时顶部可见有小出血点，如继续过度充盈膀胱，则可致黏膜破裂、出血，可见黏膜下血管小球，常分布不均，遍及膀胱，同时行活组织检查。
5.尿流动力学检查
尿动力学检查可发现膀胱容量小，顺应性差，但不出现无抑制性收缩，这项检查有助于间质性膀胱炎与不稳定膀胱或神经源性膀胱相鉴别。
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